五股溼地園區成立至今，外來種布袋蓮問題一直存在。對於布袋蓮的管理，依據宜蘭地區的移除經驗，須於固定封閉區域，以機具移除至少8年以上，方可能完全清除，然塭仔圳屬開放性水域，在外部種源持續移入的狀況下，以機具完全移除的可能性頗低，以人力執行更無可能。另外，布袋蓮雖為外來種，卻有助於五股濕地的水質淨化，若完全移除後，雖然水域獲得清理，卻也同時對水域的生態及物理變化造成影響，例如水質淨化功能降低、日曬後水溫提高、水域微生物相改變、水鳥及其他水域生物躲藏繁殖區域減少、上層掠食動物數量亦會跟著降低等等。另外，因為水岸空間變大，讓垂釣點增加，釣客也將增加。以上狀況皆是管理與清除布袋蓮前需優先考慮的狀況。故此，我們將五股濕地園區的布袋蓮管理策略，定義在「明智利用、友善共存」上，以控制布袋蓮的分布面積為考量，而非全面清除。一方面保持維持水質淨化能力，一方面也保持一定的布袋蓮面積讓濕地生物利用。
五股濕地位於二重疏洪道內，每年汛期幾乎都會淹水，就往年的觀察，每次淹水過後，布袋蓮會隨之漂流進入淡水河，且一旦進入感潮水域即無法存活，因此五股濕地北側鹽度較高的區域就不受布袋蓮危害。在進行移除管控時，一般會發動志工以及邀請企業、民眾一同參與。過去曾經發動志工執行過疏洪六路、疏洪八路兩側，溫仔圳水道的布袋蓮移除作業，事後卻發生志工腹瀉、皮膚紅腫等不適現象，探究原因應為水質污染引起。因此，往後人工移除的工作範圍，只會限定在水質乾淨的區域，避免造成志工人身安全傷害。
五股溼地生態園區布袋蓮提供生物棲息空間圖說（本照片由荒野保護協會棲地志工提供），如下：
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